本校前身為牧愛堂初級小學,朔自一九五六年聖公會牧愛堂建成於紅磡江西街二號後,主任牧師和牧區議會鑑於區內小學學位不足,從而倡議在副堂開辦初級小學。聖公會港澳教區主教何明華會督獲悉牧愛堂辦理的初級小學,成績雖然卓著,可惜未能讓學生完成小學課程是為美中不足,遂於一九六三年將馬頭圍道一七一號樓高四層的新校舍撥交牧愛堂拓展小學教育,為「牧愛小學下午校」。至二零零四年,獲教育局撥款興建一幢設備完善的教學大樓,與原校相連。為了配合社會發展,與時並進,於二零零八年起一、二年級率先以全日制模式上課,翌年推至三、四年級,至二零一零年起,全校轉為全日制,為今日的「聖公會牧愛小學」,繼續為學子提供更優質的教育。
本校致力營造一個積極進取、溫暖及充滿關懷與愛心的環境,建立優質的教師團隊,締造愉快的氣氛,不斷創新發展,力臻完善,培育人才,服務社群。